После событий второй части, в "Евангелион 3.33: Ты не исправишь", уже известный всем, герой просыпается в новом мире, который получится в результате Третьего удара. Он не может узнать, где он находится и не может понять, что вообще происходит. Но чуть позже он осознает, что ему вновь придется сражаться с ангелами, чтобы спасти человечество. Он вступит в войну, а помогут ему совершенно новые союзники, которые станут друзьями. Бороться Икару придется со старыми знакомыми. Ему придется принимать сложные решения, чтобы спасти планету и людей, живущих там. Правильно ли поступит главный герой?