События фильма «Земмельвейс» разворачиваются в середине девятнадцатого века в Вене, жители которой сталкиваются со смертоносной эпидемией. Врач Игнац Земмельвейс становится первым, кто обнаруживает эпидемию детородной лихорадки, которая уносит жизни многих его пациентов. Он каждый день принимает роды, выполняет вскрытия и пытается понять причину болезни. Игнац Земмельвейс, стремясь разобраться в происходящем, постоянно сталкивается с сопротивлением со стороны консервативных медиков, а это заставляет его бороться одновременно с эпидемией и с коллегами. Главный герой продолжает работать и спасать жизни несмотря на то, что многие этому препятствуют.