Действие фильма «Дело «Мальдорор»» разворачиваются летом 1995-го года во французской глубинке, где бесследно пропадают две девочки. Для местных жителей это большое потрясение, люди круглые сутки ищут детей, а журналисты, съехавшиеся сюда, делают свои предположения. Молодой детектив Поль Шартье присоединяется к этому расследованию, которое получает секретный гриф «Мальдорор». Он усердно собирает улики и в какой-то момент понимает, что стандартные методы расследования в этом деле не дадут результатов. Более того, Поль считает, что здесь работает маньяк. Главный герой, вопреки всем приказам начальства, начинает охоту на маньяка.