Главный герой мультсериала «Низкоквалифицированный ниндзя» – самый обычный старшеклассник Куро Камогакурэ, к которому однажды обращаются за помощью очень серьезные люди. Это агенты-ниндзя секретного японского агентства, которое защищает страну от опасных врагов. Агенты работают во всех странах мира, а в саму организацию попадают только лучшие из лучших. На шестнадцатилетнего Куро вышли не случайно, ведь этот парень - выходец из великого рода ниндзя Камогакурэ, а он никогда не подозревал, что обладает невероятными способностями. Старшеклассник берется за дело и пытается совмещать учебу в школе с защитой родины. Однако пока Куро Камогакурэ все еще низкоквалифицированный ниндзя, и многие навыки ему предстоит подтянуть.