«Стюарт Литтл 2» уже учится в школе. Он увлекается строительством моделей и играет в футбол. Но однажды ему встречается канарейка Маргало. Парочка быстро подружилась, и птичка поделилась проблемой – злой Сокол не дает ей прохода. А вскоре новая подружка Стюарта исчезла, и вместе с котом Снежком герой отправляется искать Маргало по всему Нью-Йорку.