Главный герой фильма «Командир» – самый обычный подросток в отдаленной уральской деревне Гена Зайцев, который вырос в бедной многодетной семье без отца. Однако парень сумел пережить трудности бедного детства, пошел в армию и там решил, что хочет стать военным. Конец восьмидесятых годов, непростые времена для СССР, когда преступность растет. Поэтому принимается решение создать еще одно подразделение МВД – антитеррористическое. Геннадий Зайцев становится одним из первых командиров «Группы «Альфа»» и вскоре выезжает на свое первое боевое задание. 1 декабря 1988-го года в десяти километрах от кавказского городе Орджоникидзе террористы останавливают на горной дороге школьный автобус, ехавший на экскурсию. Бандиты берут в заложники 32-х детей, двух учителей и водителя автобуса. Под руководством главного героя проходит сложнейшая операция…