События мультсериала «Голубоглазый самурай» разворачиваются в Японии в середине семнадцатого века и рассказывают историю храброго юноши Мидзу, который мечтает стать благородным воином. Парень мог бы стать самураем, но он родился с глазами голубого цвета, и поэтому никто не воспринимает его всерьез. Как бы Мидзу ни старался, каким бы боевым приемам он ни обучался, никто не верит в то, что самурай может быть голубоглазым. Мидзу бросает все и уходит в далекое путешествие в надежде найти место, где к нему было бы другое отношение. Все изменится, когда главный герой познакомится с девушкой-воином Акеми...