Главный герой мультсериала «Духовные хроники» – самый обычный токийский студент Харуто Амакава, который однажды по дороге в университет попадает под колеса автобуса и погибает. Происходит чудо, в которое Харуто никогда не верил – реинкарнация. Душа парня перерождается в далеком прошлом, в молодого человека Рио, живущего в трущобах. Однако у Рио разум человека из двадцать первого века, что считается там настоящим волшебством. Мало того, ему удается спасти от бандитов одну девушку, которая оказывается дочкой короля. За мужественный поступок Рио награждают, и он становится студентом королевской академии, где учатся дети аристократов, но там бедняк становится изгоем. Однако у главного героя есть то, чего нет у других – знания, и уже скоро Рио станет лучшим из лучших, претендующим на руку и сердце королевской дочки-красавицы.