События мультфильма «Марсель, ракушка в ботинках» разворачиваются в маленьком американском городке, где живет самая обычная семья. В доме этого семейства есть аквариум, внутри которого живут два моллюска. Хозяева очень любят своих питомцев, ухаживают за ними и регулярно кормят чем-то вкусненьким. Однажды происходит что-то страшное, хозяева не возвращаются домой. Проходит первый день, потом второй, и вместе с исчезновением людей бедные моллюски остаются без еды. Моллюск Марсель и его подруга должны как-то выбраться из аквариума и отправиться на поиски еды и своих хозяев.