События мультсериала «Мегатон Мусаси» разворачиваются в начале двадцать первого века, когда к человечеству на контакт вышли представители инопланетной цивилизации. Коварные пришельцы втерлись в доверие, а потом с помощью своих технологий стерли всем людям память, поселили их разум в виртуальный мир и превратили в рабов. Однако малый процент людей оказался стойким. Один из таких, кому повезло сохранить сознание – простой парень по имени Мусаси, который объединяет вокруг себя остатки нормальных людей. Мусаси и его бойцы угоняют инопланетных роботов и начинают отчаянную борьбу с агрессором.
