Главный герой детективного сериала «Черный пес 3» – бывший сотрудник спецназа Сергей Полторанин, который получил срок за убийство своей невесты Анны – работницы одного крупного столичного банка. Сергей бежит из тюрьмы, чтобы доказать невиновность и найти настоящего убийцу. Оказавшись на свободе, Полторанин берет в заложники супругу бывшего командира Андрея Марину и требует от него, чтобы тот занялся поисками настоящего убийцы. Андрей вынужден согласиться, и в ходе расследования совсем скоро он выходит на след некого Жнеца, который внедрил в банковскую систему страны опасный вирус, способный спровоцировать серьезный кризис.