Главный герой мультсериала «Доктор Стоун: Рюсуй» – парень, который переживает непростой период. Стоун влюбился, да настолько сильно, что не может ни спать, ни есть. Целыми днями парень думает только об одной девушке, и, наконец, она соглашается на свидание. Встретившись с девушкой, Стоун становится свидетелем невероятного события – все люди вокруг, включая его возлюбленную, вдруг превращаются в каменные статуи. Стоун остается в этом мире один. Вдруг в этом городе он встречает живого человека – мужчину по имени Сэнку. Объединившись, Стоун и Сэнку отправляются в долгое путешествие, чтобы найти других выживших людей. Познакомившись ближе, Стоун и Сэнку поняли, почему именно они не превратились в каменные статуи. Оказывается, что они оба были сильно влюблены…