Главный герой фильма «Пилот» – военный из французского легиона, специалист по управлению дронами Даниель. Вместе со своими сослуживцами, используя высокотехнологичное оборудование, Даниель ищет на Мали место укрытия опасной джихадистской ячейки, которая готовит теракт. Наконец, военным удается выйти на след террористов. Операция оказывается на грани срыва, когда пилота и его семью берут в заложники. Главный герой встает перед непростым выбором: либо он будет работать на джихад, либо Даниеля и всю его семью убьют. А тем временем сослуживцы отправляются на поиски своего пилота.