События мультсериала «ID: Вторжение» разворачиваются в далеком будущем, в том мире высочайших технологий, где все происходит быстро и безошибочно. Это касается и расследования преступлений. Сыском занимается частная организация «Кура», преступления расследуются с помощью передовой системы на основе искусственного интеллекта, который способен чувствовать намерения любого человека. Детектив Сакаидо становится первопроходцем второго поколения этой системы. Сакаидо проникает глубоко в подсознание преступников и находит зацепки для раскрытия преступлений, но однажды эта система сработает против него самого.