Главный герой мультфильма «Ниндзя в клеточку» - девятилетний мальчик Аске, настоящий отличник, над которым так любят издеваться хулиганы в школе. Однажды дядя Стюарт привозит из далекого Таиланда тряпичную куклу. Мальчишка даже не догадывается о том, что в его руках не просто кукла-ниндзя, а страшный дух, который желает отомстить своим врагам. Ведь бывшего владельца игрушки жестоко убили. Много лет назад один бедный тайский мальчик работал на фабрике игрушек, однажды он решил немного передохнуть, но босс Филипп Эпперминт не стал это терпеть и избил мальчишку до смерти. Тряпичная кукла желает сделать все, чтобы отомстить убийце своего бывшего хозяина. Кукла обучает нового друга боевым навыкам, а потом они вместе начинают охоту на злодея.