События мультфильма «Механическая девочка» разворачиваются в будущем, где соперничают две цивилизации: техническая и биоинженерная. Однажды они сталкиваются с настоящей угрозой: опасным вирусом, перед которым бессильны все ученые планеты. Однако даже наступающая катастрофа не может заставить их объединиться. На помощь человечеству приходят неожиданные герои - маленькие дети, творения величайших гениев двух цивилизаций. Механической девочке из технической цивилизации и мальчику с двумя сердцами из биоинженерной предстоит найти общий язык. Эти дети, используя свои суперспособности, обязательно смогут починить мир и открыть взрослым глаза на их ошибки.