В центре сюжета сериала «Морские дьяволы. Особое задание» - отряд специального назначения «Нерпы». Во время совместных учений силовых структур под Калининградом происходит авиакатастрофа, в которой гибнет отряд местного спецназа. В Следственном комитете и ФСБ России считают, что эта трагедия - не случайность, а террористический акт. В Калининград прибывает отряд «Нерпы». Прибывшие должны взять на себя обязанности бойцов, которые погибли в авиакатастрофе. Главные герои сериала - командир Батя и его подчиненные Багира, Бизон, Кот, Опер, Тигр и Дана, которые вынуждены работать на западной границе страны на фоне сложившийся там такой непростой геополитической ситуации.