Главная героиня фильма ужасов «Глубокое синее море 3» - большая любительница и исследовательница акул доктор Эмма Коллинз, которая со своей командой единомышленников изучает влияние глобального потепления на поведение больших белых акул и на экосистему небольшого залива у берегов Северной Америки. Внезапно к Эмме за помощью обращается ее давний приятель и бывший коллега Ричард Лоуэлл. Ричард говорит, что недалеко от одного пляжа в Филадельфии появились две бычьих акулы, которые убили нескольких человек, и просит помочь ему выследить и поймать опасных хищников. Главная героиня с коллегами отправляется в Филадельфию, и уже через несколько дней она узнает, что акулы, за которыми она охотится, далеко не обычные.