В центре сюжета фентезийного мультфильма «Мастер Муси» - странные существа под названием Муси. Их люди боялись с древних времен, ведь эти муси – обитатели других планет, живущие за пределами нашего мира. Они разительно отличаются от животных и растений, которые знакомы человеку, а такова уж наша природа – все неизведанное вселяет в человека страх и ужас. Однако есть чудаки, которые не боятся муси, а делают все для того, чтобы изучить их, понять природу и подружиться. Главный герой картины – специалист по муси Гинко. Он обладает сверхъестественными способностями, благодаря которым может чувствовать объект своих изучений и вступать с ними в контакт. Гинко путешествует по миру и всегда приходит на помощь тем, кто в этой помощи нуждается…