Главный герой сериала «Цветы для Элджернона» - 28-милетний Сиратори Сакуто, который страдает от психического заболевания и обладает интеллектом 6-тилетнего ребенка. Сиратори работает курьером и занимается доставкой цветов. Однажды он привозит букет в дом Мотидзуки Харука – девушки, которая под руководством талантливого профессора Хатидзуки Дайго занимается исследованием человеческого мозга и, в частности, пытается найти лекарство для улучшения интеллекта. После того, как новый препарат прошел успешные испытания на лабораторной мыши по имени Элджернон, ученые ищут добровольцев, чтобы испытать лекарство на людях. Одним из таких добровольцев и становится Сакуто… После проведенной операции у юноши не просто просыпается интеллект – он становится настоящим гением, однако спустя время в мозге пациента начинается обратный процесс…