Новый современный век просто переполнен самыми новейшими технологиями. Исследование науки коснулись без исключения всех областей деятельности человека. Но большинство открытий, которые должны работать на человека еще не до конца изучены и поэтому не являются надежными. Сюжет киноленты «Эон Флакс» показывает зрителю историю о исследовании самых маленьких организмов, в которой небольшая ошибка приводит к самой настоящей катастрофе. Из одной секретной лаборатории наружу проникает вирус, который стремительно быстро приживается в человеческой среде, вирус несет в себе смерть и серьезную опасность. Ученые бьют тревогу, они не знают, что делать. Единственное что они смогли придумать это специальный купол, через который вирус не сможет проникнуть. Именно под этим куполом собираются остатки человеческой расы, среди них и странная женщина по имени Эон. Оказывается, она является агентом. Но какие цели она преследует здесь еще и в такое не спокойное время?