Эмоциональный и полный неожиданностей сюжет фильма «Черные мухи» рассказывает о молодом, полном амбиций парне, который завершает обучение и получает долгожданное направление в отделение неотложной помощи. Правда, сперва главный герой должен пройти испытательный срок. Он все еще мечтает о героических поступках, его юношеский максимализм и задор говорят ему о «долге врача». Однако уже в первые дни работы опарень начал теряться, а из его головы вдруг пропало все то, что говорили на лекциях. Коллеги, занятые своей работой, не спешат помогать бедолаге. И вот в один прекрасный день он получает поддержку от одного из самых опытных врачей. Доктор Рутковский – профессионал своего дела и нелюдимый человек. Вместе со своим новым напарником стажер начинает плодотворную профессиональную деятельность, и не только профессиональную. Впереди главного героя ждет знакомство с мегаполисом и с его преступным миром.